可惜崇祯皇帝偏偏就压下了孙承宗的调兵建议，只从勤王部队中抽调部分给孙承宗，死活不肯放关宁军走。至于崇祯皇帝这样做究竟是怎么想的，谁都无法搞明白，朱慎锥琢磨了半天觉得只有一个可能，那就是担心关宁军到了孙承宗的手中后孙承宗实力大增，崇祯皇帝怕孙承宗是下一个袁崇焕，为避免发生这样的情况，以京师防务为重理由强压关宁军留在京师，不肯放关宁军离开。
所谓用人不疑疑人不用，可偏偏崇祯皇帝既要用人又要疑人，这实在是令人费解。
在缺少最强大的关宁军情况下，孙承宗在山海关和遵化和皇太极打得很是辛苦，不过孙承宗终究是孙承宗，他依靠手中仅有的兵力死守住了山海关，同时又派兵威胁到了皇太极的退路。
在久攻山海关不下的情况下，皇太极生怕后路被断，而且这时候他带兵到大明已有好几个月了，随着时间长久，手下的八旗各部也有了厌战的情绪，他们在大明腹地掠夺了大量物资和人口，既然拿不下山海关，又打不下大明的京师，继续留在这里干嘛呢？还不如早早退兵回去。
各方面的原因促使皇太极最终做出了退兵的选择，从山海关回军后，皇太极就召回了在各处的八旗部队，往遵化方向撤退。回到遵化，皇太极带兵又和马实龙打了两仗，不过这时候马世龙已得到了孙承宗的命令，转攻为守，不给皇太极有可乘之机。
见没办法短时间击败马世龙，孙承宗在山海关那边的军队随时会西进和马世龙合兵，皇太极只能下令全军撤退，放弃遵化从来的关口退往草原。得知皇太极撤军的消息，孙承宗命令各部不得追击，稳步前进先收复遵化再说，避免皇太极来一个回马枪。
就这样，半个月后皇太极的八旗大军全部撤出大明地盘，从草原绕道返回辽东，而这时候孙承宗也收复了遵化，兵不血刃拿下了之前被攻破和占领的关口，至此这场被称为己巳之变的战事终于结束了。